Programari i bases de dades

Obtenció de seqüències
  • NCBI & UniProt — bases de dades de proteïnes utilitzades per obtenir seqüències genèriques i termoestables
Agrupament
  • CD-HIT — agrupa seqüències per similitud per reduir la redundància dins dels datasets
Alineament
  • MAFFT — eina d’alineament múltiple de seqüències
Retall
  • trimAl — elimina regions mal alineades de l’MSA
Estructura i Accessibilitat al Solvent
  • FreeSASA — calcula l’àrea de superfície accessible al solvent
  • ChimeraX — visualització molecular i anàlisi estructural
Anàlisi de Conservació
  • goalign — manipulació d’MSA i extracció de PSSM

Anàlisi estadística - Python

Es van utilitzar scripts de Python personalitzats per a les anàlisis estadístiques i la divergència KL. Els paquets utilitzats van ser:

  • NumPy — operacions numèriques i manipulació de matrius
  • pandas — càrrega i manipulació de dades tabulars
  • SciPy — tests estadístics (Chi-quadrat, Fisher exacte, Mann-Whitney U, T-test, divergència KL)